文件名称:
tempoSig:使突变目录最适合签名-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-14
详细说明：速度信号
使用最大似然和贝叶斯NMF进行突变签名提取
概述
tempoSig在一组已知的输入签名列表（重新设置）下实现了基于最大似然的一组突变计数数据的突变签名比例的提取。 此外，它还包括基于贝叶斯非负矩阵分解的从头提取，从而可以确定最可能的签名数。
重组的基本算法与算法相同，但是此处在R / C ++中重新实现可大幅提高约100倍的速度。 这种加速可以通过基于置换的采样来快速估计p值。 基本对象（S4类）可以存储输入数据，参考签名列表，样本的输出曝光量和p值。 还包括用于绘图和文件输出的实用程序。
算法
输入数据采用目录矩阵的形式：
变异背景
肿瘤样本条形码1
肿瘤样本条形码2
A [C> A] A
0
1个
A [C> A] C
3
0
A [C> A] G
2个
5
A [C> A] T
0
2个
C [C> A] A
0
0
C [C> A] C
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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