文件名称:
Bioinfo-Scripts:由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据-源码
开发工具:
文件大小: 16kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-14
详细说明：生物信息脚本
由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据。
到目前为止，该存储库包括：
1.）BioinformaticBookkeepingSlurmTemplate.sh-一个示例Slurm调度程序模板，用于生成生物信息“纸迹”并更有意义地重命名Slurm输出记录。
2.）DataPreProcessingScript.sh-用于在新排序的数据上创建fastqc报告的脚本，用于在需要时仔细检查所用适配器的可选代码，以及用于质量修整适配器以及使用UNH的Premise群集上的AdapterRemoval2折叠重叠的读对的脚本。
3.）BWA-MEM_Alignment.sh-运行管道，以使用BWA-MEM算法将质量修饰过的fastq读图映射到参考基因组，并根据GATK最佳实践数据变体发现管线的预处理执行其他质量控制步骤（包括samtools fixmate，进
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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