文件名称:
ProteinEvolverABC:通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率-源码
开发工具:
文件大小: 85mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-14
详细说明：蛋白质进化者
通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率
软件包ProteinEvolverABC是一个计算机框架，可通过近似贝叶斯计算来估计蛋白质序列多个比对中的重组和取代率。 该框架基于模拟器ProteinEvolver的特殊版本，该模拟器通过重组（包括各种迁移模型，人口统计学和用户指定的种群/物种树）和蛋白质在不同替代模型下的进化来实现合并。 可以从比对中收集有关进化过程的信息，总共可以计算出16个摘要统计量。 然后，ProteinEvolverABC可以通过拒绝和回归方法在近似贝叶斯计算（ABC）下估计参数。 该框架已通过广泛的计算机仿真进行了验证。
该软件包在C，perl和R中实现，并且可以在Linux和Mac OS上运行。 它包括用Java编写的图形用户界面。 方便地，仿真可以选择在用户指定数量的处理器上并行运行。
该软件包包括详细的文档（建议您在使用该程序之前阅
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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