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修剪蛋白质-蛋白质网络中不可靠链接的两阶段几何方法
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上传时间: 2021-03-12
详细说明：蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在确定细胞大多数细胞功能的结果中起着至关重要的作用。 尽管实验检测到的高通量PPI数据为研究包括细胞代谢和蛋白质功能在内的许多生物学机制提供了新的机会，但实验检测到的PPI的假阳性率很高。 因此，开发新颖的计算工具以修剪低置信度PPI具有很高的实用价值。 在本文中，我们提出了一种新的几何方法，称为留一法逻辑度量嵌入（LOO-LME），用于评估交互的可靠性。 与以前的方法主要寻求在嵌入空间中保留PPI网络的嘈杂拓扑信息不同，LOO-LME首先将学习任务转换为等效判别形式，然后使用留一法直接处理PPI网络中的不确定性。过时的方法。 实验结果表明，在PPI评估问题上，LOO-LME明显优于以前的方法。 因此，LOO-LME可以促进对PPI的进一步基于图的研究，并且可以帮助推断其隐藏的潜在生物学知识。
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