文件名称:
CRISPR_Screen_Processing:您可以遵循一个基本的工作示例，使用MAGeCK和/或DrugZ进行统一的半自动分析合并的CRISPR筛选数据的数据，进行富集耗尽分析。 有关更多详细信息，请参见自述文件。 测试表文件是模板，
开发工具:
文件大小: 4mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-11
详细说明：CRISPR_Screen_Processing
您可以遵循一个基本的工作示例，使用MAGeCK和/或DrugZ进行富集/耗竭分析，以统一的方式半自动分析汇总的CRISPR筛选数据。 有关更多详细信息，请参见自述文件。 测试表文件是模板，而不是工作示例。
内容
主资料夹
CRISPR.sh：bash脚本通过cutadapt，bowtie 1.3和MAGeCK（计数/ RRA测试）处理原始FASTQ文件
drugz.sh：bash脚本处理MAgeCK使用drugz.py脚本生成的计数表
MAGeCK_或DrugZ_ Tests_Table.txt：制表符分隔的表，这些表通知上述bash脚本如何进行富集/耗竭测试（从头到尾：输出名称，治疗组，对照组）
这两个bash脚本均使用脚本顶部指示的默认设置运行，除了thread / cores选项外，所有其他设置均使用相应软件包的默认设置。
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(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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