文件名称:
ID16S:该管道从16S序列的multifasta文件中重建细菌物种的组成-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-11
详细说明：目录
介绍
ID16S流水线从16S扩增子序列的multifasta文件中重建细菌物种的组成。 推论来自针对NCBI 16S微生物数据库的同源性搜索。 该管道在使用16S Barcoding Kit（SQK-RAB204）获得的Nanopore 1D读数上进行了测试。 鉴定准确度与Nanopore测序读数的准确性相当。 该管道应适用于所有16S数据集，但较长的序列读取是可取的。
请注意，对于大型数据集，即使使用megablast算法，BLAST同源性搜索也需要一段时间才能完成。 对更快的工具感兴趣的人应该看看 。 后者基于kmers，比BLAST方法要快得多，但由于其纳米精度较低，因此对Nanopore读取的召回率较低。 用于从纳米Kong召回率的优异比较BLAST和Kraken2读取，请参阅本由皮尔曼等。
依存关系
选修的
（用于FAST5碱基检出）
安装
要使用Git从命令行下载
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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