文件名称:
horvath-2013-clock-源码
开发工具:
文件大小: 23mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-10
详细说明：预测年龄：两性之间的DNA甲基化时钟差异
总结步骤：
1运行GEOquery.seq以下载训练和测试数据集的样本。
2运行common_methylation_ids.seq以从所有登录样本中获取通用ID。
3在每个登录名上运行preprocessing.seq以创建训练文件。
4使用包含您的训练文件的文件夹运行elasticnet_train.seq。
5通过运行fast_coef_check.seq检查学习的系数，然后选择适当的精度以选择重要的系数。
6使用check_betas.seq以先前选择的精度从学习的模型中获取重要系数。
7仅使用具有重要系数的elasticnet_test.seq在测试数据集上测试模型。
8使用重要的CpG位点的基础文件和UCSC基因的基础文件，运行bedtools最近的（get_closest_genes.sh）查找最接近cpG位点的基因。
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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