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COREF：GPCRS主干灵活性的组合优化方法
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上传时间: 2021-03-09
详细说明：G蛋白偶联受体（GPCR）-配体通过计算方法灵活对接的两个挑战是：（1）当配体与受体对接时如何准确建模骨架的扰动；（2）如何在接近配体的情况下对骨架进行采样装订袋。 为了解决这两个挑战，我们提出了一种组合优化（coREF）方法，该方法通过基于RosettaLigand（RL）平台集成了两种不同的优化协议来实现对接接口的灵活性。 第一种改进方案通过平行化不同的运动以模仿结合位点附近没有配体构象的主链同时波动而生成多个初始受体。 第二种改进方案增加了具有配体构象的界面残基的骨架改进步骤，从而扩展了RL对接算法。 为了验证coREF的性能，我们改进了参与者提交的20个GPCR Docking 2008/2010模型。 10个CXCR4目标中的8个和D3目标中的一半显示出比提交的模型更低的LRMSD值。 12个结果中有9个比使用RL对接算法精炼的结果略好。
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