文件名称:
VirMC:从宏基因组样本中预测病毒序列-源码
开发工具:
文件大小: 84mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：虚拟计算机
从宏基因组样本中预测病毒序列
VirMC：用于从宏基因组样品或组装的宏基因组重叠群中预测病毒序列的软件包
版本：1.1
作者：宋凯
维护者：Kai Song
描述
该软件包提供了一些功能，可以计算成对的读取和组装的重叠群的k元组的出现次数。 基于马尔可夫模型计算读段或重叠群属于病毒基因组的可能性。
因此，该软件包提供了以下功能
（1）计算每个重叠群和读取的k元组的出现次数；
（2）计算每个重叠群的可能性，并基于马尔可夫模型进行读取。
依存关系
VirMC执行需要python（> = 2.7）。
安装
为了快速入门，请首先根据您的操作系统下载软件包文件VirMC_paired-end_1.1.py和VirMC_contigs_1.1.py。
可以在“ Trained_Model”目录中下载八个训练好的模型。 使用它们之前，应先解压缩它们。
用法
（1）计算成对的
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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