文件名称:
etrf:精确的串联重复查找器(不是TRF替代品)-源码
开发工具:
文件大小: 8kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明:Etrf是一种简单的工具,可找到DNA序列中的精确串联重复序列(即重复单元中没有错配或缺口)。 它只有两个参数:最大重复单元长度和最小总重复长度。 对于每个单位长度,etrf扫描输入序列并获得不少于单位长度两倍的非重叠区域列表。 对于以不同单位长度标识的两个重叠区域,etrf选择较长的区域,或者,如果两个区域的长度相等,则选择找到的单位长度较短的区域。
无法找到不正确的串联重复序列,etrf不能替代更复杂的工具,例如或 。 但是,由于etrf实现了精确的算法,因此它避免了重复定义的歧义,并且其行为是可预测的。 Etrf也更快。 它可以在单个CPU线程上在15分钟内处理人类基因组。
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