文件名称:
Higashi:单细胞Hi-C，scHi-C，Hi-C，3D基因组，核组织，超图-源码
开发工具:
文件大小: 15mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：Higashi：多尺度和综合scHi-C分析
作为scHi-C分析的计算框架，Higashi具有以下功能：
Higashi将scHi-C数据集表示为超图（图a）
每个单元和每个基因组单元被表示为单元节点和基因组单元节点。
单单元格联系图中的每个非零条目都被建模为超边缘。
每个染色质相互作用的读取计数用作超边缘的属性。
Higashi使用超图神经网络在此构造的超图中揭示高阶交互模式。 （图b）
Higashi可以为scHi-C生成嵌入物，以用于下游分析。
Higashi可以估算单细胞Hi-C接触图，从而能够以单细胞分辨率详细表征3D基因组特征，例如TAD样结构域边界和A / B间隔分数。
文献资料
请参阅以获取详细的文档和示例教程。
引用
引用我们的论文
article {Zhang2020multiscale,
author = {Zhang, Ruochi and Z
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