文件名称:
GDAN_LIHC-CHOL_SNV_clustering:GDAN LIHC-CHOL SNV聚类-源码
开发工具:
文件大小: 2kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：GDAN LIHC-CHOL SNV聚类
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每个样品都分配了一个26基因的二元特征向量（0 =无突变； 1 =有突变）。 使用ConsensusClusterPlus（软件包版本1.40.0； R版本3.4.1），通过使用二进制距离度量（等效于Jaccard距离）在围绕仿体（PAM）的聚类算法进行分区的情况下，对1000个重复样本中的80％的样本进行了二次抽样，从而实现了无监督共识聚类。 ，生成4个群集。
以下是这些详细信息的清单：
R版本3.4.1
ConsensusClusterPlus版本1.40.0
ConsensusClusterPlus（）选项：
maxK = 10＃我们选择k = 4作为最佳聚类数
reps = 1000＃二次采样数
pItem = 0.8＃我们在每个子采样中选择了80％的采样
pFeature = 1.0＃每个子采样中包含
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