文件名称:
bulk_atac_pipeline:管道来自于Mortazavi实验室的Klebea Carvalho和Rabi Murad博士，用于带有SLURM调度程序的远程服务器-源码
开发工具:
文件大小: 1kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：批量ATAC-seq分析管道
Murad博士和博士候选人Klebea Carvalho慷慨地提供了原始脚本。
在6个bash脚本中，此管道执行以下操作：
使用fastqc检查读取质量
使用领结进行Map读取，使用Picard删除重复项，并由于转座酶结合而移位读取
用Homer调用150bp和500bp峰
在副本上运行IDR（不可重复性发现率）
合并峰
用荷马进行计数矩阵
检查阅读质量
首先，制作一个包含要处理的样品名称的前缀文件：
ls AT_AC*_R1.fastq.gz | sed 's/_R1.fastq.gz//' > ../prefixes.txt
要运行fastqc v.0.11.9：
sbatch fastqc_step1.sh
所有管道输出都在一个目录中，该目录具有与前缀文件中相同的样本名称：
AT_AC_5_S3/
fastqc/
AT
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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