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恶性胶质瘤中拷贝数变异驱动的竞争性竞争性内源RNA网络的鉴定。
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上传时间: 2021-03-08
详细说明：神经胶质瘤占恶性脑肿瘤的80％。 由于高度异质性，胶质瘤的致癌机制仍不清楚。 在这项研究中，我们开发了一种新的方法来鉴定低级神经胶质瘤（LGG）和多形性胶质母细胞瘤（GBM）中拷贝数变异（CNV）驱动的竞争性内源性RNA（ceRNA）相互作用失调。 通过分析来自癌症基因组图谱（TCGA）的基因组和转录组数据，我们首先发现了受CNV显着影响的蛋白质编码基因和长非编码RNA（lncRNA），并通过定制管道进一步确定了CNV驱动的ceRNA相互作用失调。 我们分别在LGG中获得了13776个CNV驱动的ceRNA失调的ceRNA对（包括3954个mRNA和306个lncRNA），在GBM中获得了262对（包括221个mRNA和11个lncRNA）。 我们的结果表明，大多数ceRNA相互作用在LGG和GBM中均被CNV削弱，并且许多CNV驱动的基因在失调的ceRNA网络中共享相同的ceRNA。 功能分析表明，CNV驱动的ceRNA网络参与了一些重要的肿瘤发生机制，例如细胞周期，p53信号通路和TGF-β信号通路。 从失调的ceRNA网络进一步研究社区中的ceRNA对，发现与恶性神经胶质瘤的发生
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