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使用图嵌入从多个蛋白质相互作用网络中检测蛋白质复合物
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上传时间: 2021-03-08
详细说明：细胞过程通常由蛋白质复合物而不是单个蛋白质进行。 鉴定蛋白质复合物是理解细胞组织和功能原理的关键之一。 同样，蛋白质复合物是一组在相似疾病中潜在的相互作用基因，这指出了蛋白质复合物的治疗重要性。 随着生命科学和计算科学的发展，越来越多的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据变得可用，这使得从PPI网络预测蛋白质复合物成为可能。 但是，由高通量实验产生的大多数PPI数据通常具有许多错误的正相互作用和错误的负边缘损失，这使得难以准确预测复合物。 在本文中，我们提出了一种称为MEMO（用于coMplex检测的多重网络嵌入）的新方法来检测蛋白质复合物。 MEMO通过使用跨多个物种的功能正交信息将来自不同物种的多个PPI数据集整合到单个PPI网络中，然后使用图嵌入技术将网络的蛋白质节点嵌入到连续的向量空间中，从而量化节点之间的关系并更好地引导蛋白质复合物的检测过程。 最后，它利用种子扩展策略根据对应的蛋白质表示的相似性从多个PPI网络中识别蛋白质复合物。 作为我们方法的一部分，我们还定义了一种新的质量度量，该度量结合了簇的凝聚力和簇密度来测量检测到的蛋白复合物为真实蛋白复合物的可能性。 大量的实验
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