文件名称:
CAMPHOR:SV来电者，可长时间阅读-源码
开发工具:
文件大小: 8mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-08
详细说明：樟
SV来电者，可长时间阅读
概述
提取的读物表明来自bam文件的SV的存在
确定SV候选人
使用重复信息和支持读取次数过滤SV候选对象
要求
python3
python的pysam模块
numpy模块
Perl
samtools（0.1.18版或更高版本）
输入文件
两个bam文件（一个bam按读取名称排序，另一个bam按基因组坐标排序）
按基因组坐标排序的bam文件的索引文件（.bai）
序列数据的Fastq文件
如果环境中未安装samtools，则可以在配置文件（pram.config）中指定samtools执行文件的路径。
输出文件格式
SV的vcf文件（SV.vcf）
用法
$ git clone https://github.com/afujimoto/CAMPHOR
$ cd CAMPHOR/CAMPHOR
$ sh CAMPHOR.sh < bam(sorted b
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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