文件名称:
BAG_SNPs:使用基于SNP的野生物种种群的等位基因频率和遗传多样性估算种质库（BAG）样本量的脚本-源码
开发工具:
文件大小: 24kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-08
详细说明：使用SNP和重采样数据集的种子/种质库中的等位基因频率和遗传多样性
使用等位基因频率和野生物种/种群的遗传多样性估算种质/种子库（BAG）中样本量的影响的脚本
番薯分三步走：
使用VCF计算野生物种/种群中的等位基因频率
使用野生物种/种群作为模型，使用VCF计算重采样数据集中的等位基因频率。
使用野生物种/种群作为使用GENIND的模型，计算重采样数据集中的遗传多样性。
Pilocarupus分五个步骤：
使用GENIND对象（空等位基因和等位基因> 50个副本）在自然种群和具有不同样本量的重采样种群中计算等位基因频率。
使用GENIND对象在自然种群和具有不同样本量的重采样种群中计算遗传多样性（HE）。
使用GENIND对象在自然种群和具有不同样本量的重采样种群中计算等位基因丰富度（AR）。
使用VCF计算自然种群和具有不同样本量的重采样种群的核苷酸多样性（PI）。
使
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