文件名称:
PC-SENE:基于节点嵌入的蛋白质复合物检测方法
开发工具:
文件大小: 144kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-08
详细说明:随着蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据集的积累,已开发出各种计算方法来从PPI网络识别蛋白质复合物。 但是,许多现有的计算方法都有其自身的局限性:有监督的学习方法需要乏味的工作来进行特征工程,用于指导无监督方法的挖掘过程的质量度量在反映PPI网络中蛋白质复合物的特性方面存在一些缺陷。 在这项工作中,我们提出了一种新颖的蛋白质复合物检测方法,称为PC-SENE。 对于给定的种子,它使用基于蛋白质节点嵌入相似性的别名采样策略来选择潜在的可加节点,并利用一种新的电导度量来决定是否扩展当前的候选子图以找到蛋白质复合物。 直观地讲,训练有素的节点嵌入向量既可以保留PPI网络的拓扑特征,又可以保留网络中节点的连接方式的多样性,因此节点嵌入的相似性可以更好地反映节点之间的关系。 实验结果证明了PC-SENE的鲁棒性和有效性。
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