文件名称:
covid-quantification:量化COVD-19感染RNA-Seq样品的管道-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-07
详细说明：人类基因和SARS-CoV-2转录本的RNA-Seq定量管线，使用的是烟管和蛇形
这条管线使用鲑鱼量化RNA测序样品和编译探索性分析的转录物的TPM与这个工作流程中，所述的最终输出文件results_TPM.tsv ，可以直接导入在MetaOmGraph与元数据文件一起。
建立conda环境
请安装conda
运行conda env create -f env.yaml
激活环境： conda activate pyrpipe_covid
准备参考数据
要下载使用的参考数据，请运行以下命令
bash prepare_data.sh
或者，编辑config.yaml以更改参考文件
bash prepare_data.sh还将使用整个基因组序列作为诱饵来创建鲑鱼索引。 用户可以在bash prepare_data.sh文件中进行编辑。
参数
所有工具参数均在params目录中指定。 要修
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
- 本站资源为会员上传分享交流与学习,如有侵犯您的权益,请联系我们删除.
- 本站是交换下载平台，提供交流渠道，下载内容来自于网络，除下载问题外，其它问题请自行百度。
- 本站已设置防盗链，请勿用迅雷、QQ旋风等多线程下载软件下载资源，下载后用WinRAR最新版进行解压.
- 如果您发现内容无法下载，请稍后再次尝试；或者到消费记录里找到下载记录反馈给我们.
- 下载后发现下载的内容跟说明不相乎，请到消费记录里找到下载记录反馈给我们，经确认后退回积分.
- 如下载前有疑问，可以通过点击"提供者"的名字，查看对方的联系方式，联系对方咨询.
