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上传时间: 2021-03-06
详细说明：UMAMI运输机功能表征
任务：
拉詹：
在拟南芥中获取UMAMI基因
从bioMart获取蛋白质序列
针对小麦基因组的蛋白质爆炸：评估值截断了1e-10
后期处理：每个拟南芥UMAMI基因的前10个小麦基因（总共129个基因）
获取选定小麦基因的核苷酸序列
每个拟南芥UMAMI基因与其前10个小麦blastp匹配的基于肌肉的多序列比对（MSA），邻域连接系统树（以编程方式使用EBI REST API）
使用NGphylogeny.fr组合的所有小麦和拟南芥UMAMI基因的最大似然系统树。
使用Elu上的ClustalΩ对所有序列进行MSA比对并生成系统发育树
基于蛋白质域的搜索：识别拟南芥UMAMI基因中的突出IPR和PF域
使用突出的interpro（IPR）域搜索其他潜在的UMAMI基因（结果为205个潜在的UMAMI基因）
在《科学》小麦基因组论文中搜索高可
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