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癌症基因组中lincRNA聚腺苷酸化的全基因组鉴定和预测模型
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上传时间: 2021-03-05
详细说明：长非编码RNA（lncRNA）在人类癌症基因组中起着重要的调节作用。 许多已鉴定的lncRNA被RNA聚合酶II转录，在RNA聚合酶II中，它们被聚腺苷酸化，因此，长期介入的非编码RNA（lincRNA）已被广泛用于lncRNA的研究。 迄今为止，与癌症相关的lincRNAs聚腺苷酸化的机制还很少被完全了解。 在本文中，我们首先报道了五个人类癌症基因组中的全球lincRNA聚腺苷酸化位点（PAS）的完整图谱； 其次，我们根据基因表达的模式和交替多聚腺苷酸化（APA）的方式提出了一种分组方法。 第三，我们研究了PAS周围图案的分布。 我们的分析表明，大约70％的PAS位于lincRNA的有义链中。 lincRNA的反义链中也有超过90％的PAS位于内含子区域。 此外，大约40％带有PAS的lincRNA基因具有APA位点。 在正常和癌组织中，PASs周围的序列中检测到四个明显的基序，即AATAAA，TTTTTTTT，CCAGSCTGG和RGYRYRGTGG。 此外，提出了一种基于支持向量机（SVM）识别肿瘤组织的lncRNA PAS的新算法。 该算法可分别从非聚腺苷酸化位点和非lincR
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