文件名称:
P-MFC:QIIME2和R脚本，16S排序管线和分析-源码
开发工具:
文件大小: 54kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-05
详细说明：P-MFC v 0.1
Gene Drendel博士项目分析，应用和环境微生物学小组LTU的生物信息脚本存储和版本控制。
初始脚本上传涵盖了HPC和R数据的准备，处理和分析，如下所示。
HPC脚本
基本脚本文件夹包含Daniel Rice的原始脚本模板，以及修改后的工作基础脚本，此后所有更改都已从该模板中进行。 盖子：
基本的HPC设置命令
原始测序数据导入
使用QIIME2进行处理
主要输出是：
分类表
OTU / ASV表
系统发育树
R脚本
Base Script文件夹包含Jennifer Wood的原始脚本模板，以及修改后的工作基础脚本，此后所有更改都已在其中进行。 涵盖了从HPC输出导入的数据。 用于分析的主要软件包：
菲洛塞克
AmpVis2
皮克斯
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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