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iNuc-PseKNC：基于序列的预测子，用于预测具有伪k元组核苷酸组成的基因组中核小体的定位
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文件大小: 532kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-04
详细说明：动机：核小体定位参与许多细胞活动，并在调节细胞过程中发挥重要作用。 随着在后基因组时代产生的基因组序列的雪崩，迫切需要开发用于快速有效地鉴定核小体定位的自动化方法。 尽管提出了一些计算方法，但大多数计算方法是物种特异性的，并且忽略了可能在确定DNA序列上核小体定位中起重要作用的内在局部结构性质。 结果：在这里开发了一种名为“ iNuc-PseKNC”的预测子，用于预测智人，秀丽隐杆线虫和果蝇果蝇基因组中的核小体定位。 在新的预测因子中，DNA序列的样品是由一种称为“伪k元组核苷酸组成”的新型特征载体配制的，其中结合了六个DNA局部结构特性。 通过对三个严格的基准数据集进行严格的交叉验证测试，发现iNuc-PseKNC在预测上述三个基因组的核小体定位方面所获得的总体成功率分别为86.27％，86.90％和79.97％。 同时，iNuc-PseKNC在以前的研究人员针对不同基因组使用的各种基准数据集上获得的结果也表明，当前的预测指标明显优于同类预测指标。
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