文件名称:
containerize-conda：将现有的conda环境转换为Docker或Singularity容器-源码
开发工具:
文件大小: 2kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-03
详细说明：容器化现有的conda环境
我使用conda环境来进行数据分析项目。 有时，如果软件包不在bioconda或conda-forge上，则需要恢复使用pip或R的install.packages进行安装。
这使得很难在另一个系统上重现环境以及分析。 甚至存储为environment.yml文件的纯conda环境也可能损坏。
使用以下说明，可以将现有环境打包到Docker或Singularity容器中，该容器应具有更高的可移植性，并且还可以轻松地集成到基于的。
先决条件
Docker，Podman或Singularity
源conda环境必须在linux x64机器上。
用法
包装环境
conda-pack -n -o packed_environment.tar.gz
建造容器
# With singularity
singularity build --fakero
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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