文件名称:
optimum_sampling-源码
开发工具:
文件大小: 94kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-02
详细说明：最佳采样
确定用于准确估计遗传多样性的最佳样本/位置数量的脚本。
描述
一种用于H e ，H o ，Ar，等位基因检测的脚本（optimal_sampling.R）。
F ST的一个脚本，Jost的D，Cavalli-Sforza和弦距离（differentiation.R）。
这些脚本需要针对每个人群分别运行。
运行脚本之前
脚本的输入文件是GenAlEx格式的excel工作表，就像公用LGM数据集的一个SFI，ASP和AUTH共享一样。 由于基因座等级是根据合并的经验数据集确定的，因此必须创建一个新的Excel表格，其中包含要分析的所有基因座。 即使尚未对人群进行基因分型，也应将其添加为缺失数据。 请注意，从此合并数据集计算出的唯一统计信息是基因座等级。 所有其他统计数据均基于每个人口计算。
需要注意的是人口的名称是硬编码的，应在GenAlEx输入文件完全以下：SL_Adul
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