文件名称:
HMMploidy：使用隐马尔可夫模型从基因型可能性和覆盖率计算倍性水平的工具-源码
开发工具:
文件大小: 51kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-28
详细说明：HMM倍性：基于基因型和覆盖率的隐马尔可夫模型，用于推断倍性水平。
推断倍性水平，检测非整倍性和其他物质的工具。 计算其等位基因频率和基因型可能性，需要下载以下内容：
python 3，带有gzip, numpy, scipy, statistics软件包
R，带有pracma, data.table, Rcpp, getopt包pracma, data.table, Rcpp, getopt
samtools
多倍体数据模拟
概述：模拟多倍体生物并以mpileup.gz格式输出
simulationScript.sh -p $FILE -d $DEPTH -l $LOCI -o $OUTNAME
输入
-p或--ploidyFile ：包含所需模拟数据的文件（请参见下文中的sintax）。 ploidyFile每一ploidyFile包含倍体数和基因组$ J $的$ K $相邻片
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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