文件名称:
基因:带有Web App和SQL数据库的API-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-27
详细说明:应用程序包含3个主要部分:
数据库(MySql):
我选择MySQL的本地实例是因为我在以前的工作中使用最多,并且对它非常熟悉。 我已经学到了很多有关在python中操作vcf文件的新知识(allel.vcf_to_csv),并通过多线程加载数据infile将数据成功解析为mysql。 创建了一个较小的表(cca 1 mio recs)来测试应用程序,并且应用程序正常运行。 附有小视频。 在下载的vcf文件中,我没有找到说明中列出的文件,因此我决定从文件中提取以下6列:['CHROM','POS','ID','REF','ALT_1','INFO_1' ]
索引较大的表(85 mio recs)具有挑战性,但我没有做到这一点。
后端(Node.js):
后端部分使用Express.js库完成了路由。 创建了一条执行简单SELECT语句的单路径(/ search /:param)。辅助
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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