文件名称:
live-cell_image_processing-源码
开发工具:
文件大小: 13mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-26
详细说明：活细胞图像处理
作者： Asma Chalabi，在开发的代码
注意1：这两个管道都是使用Anaconda平台的Spyder软件在Python 3.7下开发的。
注意2： deep_learning_image_analysis管道仍在开发中。
两条管线都对活细胞显微镜堆栈进行分析，将堆栈分成不同的通道，然后分别对它们进行处理。
1. cell_death_analysis
该管道基于“经典”图像处理方法。 它使用高斯平滑来减少噪声。分割通过二进制阈值执行，然后进行分水岭分割。
使用此管道仅执行细胞分割，在细胞跟踪后提取不同的细胞强度和特征，然后基于边缘度量参数执行细胞死亡检测。
2. deep_learning_image_analysis
该管道基于机器学习方法。 通过集成深度学习细分模型（U-Net），管道可以同时管理3种不同的细分：细胞，核和细胞质。 然后执行跟踪，提
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