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上传时间: 2021-02-25
详细说明：生命科学方兴未艾，从食品工业中的细菌培养鉴定到癌症快速诊断，基于DNA分析的应用不断出现，但同时基因分析应用也面临着很大挑战；许多新技术、新方法被应用到基因序列分析应用中，包括Spark、FPGA以及GPU协处理器加速等，这些技术的应用不仅能够使大部分生命科学领域的应用，包括开源和ISV软件，在不需要复杂的MPI编程情况下实现并行化处理，同时Spark内存内计算技术也能够提高分析效率，加速工作流程，缩短分析时间，从而有更多新的发现。本文将介绍如何利用Spark技术运行常用的基因序列分析应用，包括在Spark不同模式下的运行方法，运行过程以及运行结果分析，并比较在不同运算平台以及不同运行参数情况
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