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上传时间: 2021-02-25
详细说明：河水牛基因损益分析及阳性选择
该存储库包含自定义脚本，以分析CAFE基因的得失结果。 这些脚本已在论文“水牛在蛋白质降解，嗅觉受体，排毒和免疫系统中的适应性特征”中使用。 它还包含MHC基因坐标。
CAFE分析
运行包含OrthoFinder的synteny管道之后，完成CAFE，然后执行以下操作：
在CAFE中测试不同的模型，然后选择最佳模型。
导入CAFE结果以执行GO，KEGG和Reactome富集分析。
查找所有分支和水牛分支的具有统计上显着的基因损益的基因家族。
MHC坐标分析
该脚本导入了卵形贝贝虫（GBE63528.1）对六个物种基因组的爆炸结果。 计算并可视化每种物种的爆炸命中率。 此外，MHC的结果与手动管理获得的结果一致。
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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