文件名称:
ncov-WI-in-host：在威斯康星州采样的SARS-CoV2的宿主内多样性分析-源码
开发工具:
文件大小: 15mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-25
详细说明：ncov-WI-主机内
由威斯康星州采样的SARS-CoV2患者的Katarina Braun和Gage Moreno产生的宿主内序列数据分析。
该项目的目的是表征急性SARS-CoV2感染期间宿主内部的多样性。 Gage和Kat分别对美国威斯康星州SARS-CoV2感染者收集的142份样本进行了测序，包括一组25个家庭的样本，这些样本来自多个个体。 全部142个样品一式两份测序。
该存储库包含用于读取交叉口vcfs（仅包含在两个生物测序重复序列中均已识别的变体的vcfs）并汇总宿主内部变异模式的脚本。 还有一些脚本可以查询宿主内部检测到的变异是否存在于总体系统发育中，并量化宿主内部变异的传播情况。 专用于威斯康星州的Nextstrain版本的JSON文件由Gage Moreno托管在 。
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安装
此baltic/baltic
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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