文件名称:
变量重新映射：用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道-源码
开发工具:
文件大小: 29kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-25
详细说明：变量重映射
用于以FASTA格式在两个任意程序集之间重新映射VCF变量的管道。 不需要链文件。
方法：从每个变体的侧翼序列创建读段，然后使用bowtie2将它们映射到新的程序集。
目前，它仅是SNP和短indel，但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。
先决条件
要运行此管道，您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们，也可以使用 。
使用conda安装
git clone https://github.com/EBIvariation/variant-remapping.git
conda env create -f conda.yml
conda activate variant-remapping
pip install -r requirements.txt
无conda安装
下载并手动安装以下程序，并确保可执行文件在您的PATH
然
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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