文件名称:
SingleMoleculeFootprinting：用于SMF数据分析的R包-源码
开发工具:
文件大小: 4mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：单分子印迹
介绍
SingleMoleculeFootprinting是围绕构建的R软件包，专门用于分析单分子足迹（SMF）数据。
SMF是在开发的一种高通量测序技术。 它包括使用外源甲基转移酶在GpC和CpG环境中标记可及的基因组胞嘧啶，以及随后进行的亚硫酸氢盐测序（BS）。 因此，受DNA相互作用蛋白（例如TF，核小体，GTF等）结合保护的胞嘧啶将被甲基化，而可及的胞嘧啶将被甲基化。
使用本程序包，我们提供了从对齐的bam文件到单个站点结果的生物学解释，执行基本SMF数据分析的功能。
前言：预处理SMF数据
为了确保与我们的下游工具兼容，我们建议使用QuasR函数对齐测序读数，如下所示
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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