文件名称:
EGAsubmit：欧洲基因组-现象组存档提交的Nextflow-源码
开发工具:
文件大小: 82kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：EGAsubmit：帮助程序Nextflow进行提交
汇
此回购尝试降低提交的工作量。 它不会自动执行EGA提交的每个方面。 它是为fastq设计的，也许我们将包括CRAM或其他格式，但目前它允许单个和成对的fastq格式。
概述
（对于我们的新手来说，）EGA提交最困难的部分是EGAcryptor，并使用CSV链接文件和示例。 这似乎是一项适合Nextflow的任务。 因此，我们将输入作为CSV来指示sampleID，/ path / to / read1.fastq.gz，/ path / to / read2.fastq.gz，并将它们用作EGAcryptor和EGA格式的CSV生成过程的输入。 然后将这些输出到指定的目录，从而在中您提供相对简单的clicky作业
用法：
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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