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位置相关评分功能预测酿酒酵母中核小体的占有率
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上传时间: 2021-02-24
详细说明：了解跨基因组的核小体的详细组织以及核小体定位的机制对于理解基因调控和表达至关重要。 在目前的工作中，对啤酒酵母基因组的核小体和接头序列中4-mer频率的偏向进行了统计分析。 提出了一种基于接头序列中4聚体频率偏差的位置相关评分功能算法，以区分核小体与接头序列。 五重交叉验证表明，该算法在接收器操作员特征曲线下的平均面积为0.981的情况下取得了良好的性能。 接下来，该算法被用于预测整个酿酒酵母基因组中的核小体占有率，并获得了与核小体定位实验图相对较高的相关系数。 此外，证实了在调控位点附近的独特的核小体耗尽区域。 结果表明，接头区域内在的DNA序列偏好对核小体的占有率有重大影响。
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