文件名称:
bon鱼：Bonito-牛津纳米Kong阅读的PyTorch Basecaller-源码
开发工具:
文件大小: 54kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：鲣
牛津纳米Kong读取的PyTorch Basecaller。
$ pip install ont-bonito
$ bonito basecaller dna_r9.4.1 /data/reads > basecalls.fasta
如果以.fasta或.mmi格式提供参考，则bonito将以sam格式输出。
$ bonito basecaller dna_r9.4.1 --reference reference.mmi /data/reads > basecalls.sam
当前可用的模型是dna_r9.4.1 ， dna_r10.3 。
开发人员快速入门
$ git clone https://github.com/nanoporetech/bonito.git # or fork first and clone that
$ cd bonito
$ python3 -
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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