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硅胶表面末端束缚的单链DNA探针的分子动力学模拟。
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文件大小: 1mb
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上传时间: 2021-02-24
详细说明：拴在表面的DNA分子的结构可能会显着影响DNA微阵列上杂交的效率。 了解拴在表面的单链DNA（ssDNA）的结构对于应用DNA微阵列的分子识别功能至关重要。 尽管已经应用了许多实验方法来确定表面上DNA探针的结构，但是它们不能提供有关表面上ssDNA动力学行为的足够信息。 在这里，我们通过分子动力学模拟研究了拴在二氧化硅表面上的七个DNA探针的动力学和相互作用。 从仿真结果中，我们通过计算均方根，倾斜角，回转半径和相邻ssDNA的距离，检查了ssDNA的结构和动力学。 从我们的模拟中获得的数据表明，堆积密度对表面束缚的ssDNA的整体结构和分子方向变化具有重大影响，这是对最新实验报告的补充。 我们的仿真提供了结构上的见识，这有助于更好地了解ssDNA在表面上的行为并优化DNA微阵列的设计。
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