文件名称:
支持向量机和字符串核识别MicroRNA前体
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文件大小: 288kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：微小RNA（miRNA）是从长（70-110 nt）miRNA前体（pre-miRNA）加工而成的短（21-23 nt）调节性非编码RNA的一族。 鉴定真假前体在miRNA的计算鉴定中起着重要作用。 从前体序列及其二级结构中提取了一些数字特征，以适应某些分类方法； 但是，它们可能会丢失隐藏在序列和结构中的一些有用的区分性信息。 在这项研究中，pre-miRNA序列及其二级结构直接基于两个序列之间的加权Levenshtein距离来构建指数内核。 然后将此字符串内核与支持向量机（SVM）组合以检测真假pre-miRNA。 基于331个真实和错误的人类pre-miRNA训练样本，SVM中的2个关键参数通过5倍交叉验证和网格搜索选择，并执行5个具有不同5倍分区的实现。 在来自3个人类，8个动物，2个植物，1个病毒和2个人工错误的人类pre-miRNA的16个独立测试集中，我们的方法在11个集合上统计上优于基于SVM的技术，其中包括3个人类，7个动物和1个错误的人类pre-miRNA。 特别是，在本研究中正确鉴定出通常在先前工作中排除的具有多个环的pre-miRNA，其准确度为92.66％。
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