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2-氨基-6-芳基磺酰基苯甲腈类似物作为HIV抑制剂的分子动力学模拟：相互作用模式和自由结合能
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文件大小: 338kb
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上传时间: 2021-02-22
详细说明：在水环境中对HIV-1逆转录酶（RT）及其与以下三种抑制剂中的一种代表的配合物进行了分子动力学（MD）模拟：2-氨基-6-芳基磺酰基苄腈及其硫代和亚磺酰基同类物。 基于获得的MD轨迹，使用分子力学广义生表面积（MM-GBSA）计算结合自由能。 计算出的能量与活性相关。 用平均结构比较了相互作用模式，结合自由能，残基对结合自由能和H键的贡献。 结果表明，RT与配体之间存在不同的相互作用方式，与某些残基的特异性相互作用不同。 在研究的一系列分子中，最有效的抑制剂具有更高的结合亲和力，这受到静电相互作用和溶剂化作用的促进。
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