开发工具:
文件大小: 167kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-22
详细说明：Jordbear的脚本
概述
该存储库包含为各种目的而开发的许多脚本。
用于分析DNA测序数据
编写了许多Bash脚本，以使用免费和开源的生物信息学工具自动执行DNA测序数据的处理。 所使用的工具包括但不限于：Trimmomatic，Bowtie2，HISAT2，Samtools，Picard和Bedtools。 在适当的情况下，需要安装这些工具才能成功运行脚本。 强烈建议将包含使用脚本的目录添加到PATH变量，以便Bash终端可以轻松调用它们。
编写了许多Python脚本来整理和绘制来自处理输出的数据。 这些脚本需要Python3和各种程序包才能运行，包括但不限于：NumPy，Pandas，Glob，Matplotlib和Seaborn。 这些软件包将需要安装在相关的Python3环境中，以使脚本成功运行。 强烈建议将包含使用脚本的目录添加到PATH变量中，以便Bash终端或此存储库
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