文件名称:
funnel_potential：NAMD tclforces实施漏斗电位-源码
开发工具:
文件大小: 5kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-22
详细说明：funnel_potential
NAMD使用tclForces接口实现漏斗电位。 这是基于Limongelli等人所做的工作。
Limongelli，V.，Bonomi，M.和Parrinello，M.（2013）。 漏斗动力学作为精确的结合自由能方法。 美国国家科学院院刊，110（16），6358-6363。
我编写了代码，以便用户指定端点A和B，以便可以将漏斗放置在三个直角坐标轴以外的任意轴上。
主要功能写在文件funnel_potential.tcl ，需要在主要NAMD配置文件中提供。 例如， namd_config_funnel.tcl包含控制漏斗长度，宽度等的用户所需的变量。
为了帮助确定终点，可以在VMD中使用draw_funnel.tcl绘制一个透明漏斗，该漏斗使用function_xyz_general.tcl作为其主要功能。
一旦配置了漏斗电位，就可以使用
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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