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定量-ChIPseq-车间：EuroBioc 2020研讨会：使用DiffBind进行ChIP和ATAC分析-源码
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文件大小: 401kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-21
详细说明：标题
作者
日期
输出
定量ChIPseq车间
罗里·斯塔克
2020年11月25日
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ChiP-seq，ATAC-seq和相关DNA富集测定的定量分析。
讲师
罗里·史塔克（Rory Stark），英国剑桥大学癌症研究中心计算机生物学首席科学家
车间介绍
该研讨会将演示在Bioconductor中对ChIP-seq数据进行定量分析（特别是差异结合分析）所涉及的步骤，并讨论一些相关检测方法，例如ATAC-seq。 将特别注意对齐读取的处理，包括黑名单，灰名单，质量和重复项的过滤，以及在对这些数据进行归一化时所面临的特殊挑战。 尽管研讨会遵循了DiffBind封装插图，但仍在讨论其他许多Bioconductor封装的使用，包括csaw ， ChIPQC ， edgeR ， DESeq2和GreyListChIP 。
先决条件
与会者应熟悉以下内容：
R语法的基本知
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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