文件名称:
jcmDNAtools：基于pythonpandas的实用程序，用于分析高通量DNA测序数据-源码
开发工具:
文件大小: 14mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-21
详细说明：DNA分类器
我将NLP分类器代码与生物信息学代码结合在一起，以识别参考基因组中重复出现的DNA图案，并训练神经网络在两个样本之间进行分类。
1.learnMotifs.py研究了两个参考基因组并确定了指定长度的前100个重复基序
2.tokenizeFastQ.py适用于fastA或fastQ原始数据格式，并使用1中的主题对其进行标记化
3.trainDNAclassifier.py接受来自2的标记化数据，并训练神经网络在两者之间进行分类。
这提供了程序上可扩展的数据管道，可以直接从Illumina机器自动识别微生物样品。
表现：
在该过程的最后，脚本在第一次尝试时产生了100％准确度的网络预测。 不过，这是在截短的样本上进行的，总共只进行了50次，以节省时间。因此，这里可能会过度拟合。 产生的神经网络ecoli.paerug.h5将大肠杆菌与铜绿假单胞菌的原始样品区分开来。
特征
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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