文件名称:
EToKi：与Enterobase相关的所有方法-源码
开发工具:
文件大小: 12mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-19
详细说明：EToKi（Enterobase工具套件）
所有与Enterobase数据分析管道有关的方法。
安装：
EToKi是在Python 2.7和Python 3.5中开发和测试的。 EToKi依赖于几个Python库：
ete3
numba
numpy
pandas
sklearn
可以使用pip安装所有库：
pip install ete3 numba numpy pandas sklearn
EToKi还针对不同的管道调用以下第三方程序：
raxml
fasttree
rapidnj
bbmap
mmseqs
ncbi-blast
usearch
spades
megahit
samtools
pilon
gatk
bwa
bowtie2
minimap2
kraken2 & minikraken2
lastal & lastdb
pilercr
trf
可以使用configur
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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相关说明
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