文件名称:
Z-chromosome_analysis_hirundo：分析家燕中Z连锁和常染色体基因组变异的工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 5kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-19
详细说明：燕子Z连锁基因组变异的分析
以下是有关我们对燕子种群基因组中遗传多样性和分化的分析中的数据处理和分析步骤的详细信息，重点是Z染色体和常染色体的比较，以了解控制性别相关变异的机制和Z的作用物种中的染色体。 此工作流程是Schield等人中的描述的辅助工具。 （评论中）。
以下步骤取决于以下软件，并假定依赖项位于用户路径上：
conda
微动
wa
GATK（v3.8-1-0和v4.0.8.1）
samtools / bcftools / htslib / bgzip / tabix
vcftools
床具
混合物
TWISST
[R
列表和其他文件位于processing_files目录中。 Shell和Python脚本位于scripts目录中。 pixy输出的群体遗传摘要统计信息位于pixy_results目录中。 分析中使用的R脚本位于R目录中。
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