文件名称:
rnalign2d：使用MUSCLE和二级结构数据执行RNA的多序列比对的Python工具-源码
开发工具:
文件大小: 114kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：RNAlign2D
RNAlign2D是一种Python包装器，它允许使用有关二级结构和序列的信息来比对多个RNA分子。 为此，使用了MUSCLE程序，但可以对其进行调整以使用任何其他多序列比对工具。
该工具首先去除常见的RNA修饰，然后将RNA序列和二级结构转换为假氨基酸序列（请不要误解翻译过程-这只是技术解决方案），然后使用MUSCLE来比对假氨基酸序列。 最后恢复过程，并恢复与原始序列和二级结构的比对。
点括号格式
格式，成对残基标记为方括号（），未成对残基标记为点。 例如，包含发夹的简单结构（茎长度为5个残基，环的长度为6个残基）可能看起来像：........（（（（（（（......））））））... ......
对于伪结，使用[]括号。 对于更高级别的伪结{}，<>，甚至使用Aa，Bb，Cc ...对。 对于RNAlign2D，考虑的最大伪节点级别为Bb。
输入和输出文
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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