文件名称:
TrAEL-seq：TrAEL-seq手稿使用的软件集合-源码
开发工具:
文件大小: 10kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：特雷尔序列
TrAEL-seq的脚本和信息的集合。 2020年7月21日最新更新
TrAEL-seq预处理（UMI和Poly-T处理）
原始TrAEL-seq FastQ读取应具有以下结构：
barcode (UMI) (8bp) // PolyT // Insert
步骤1：
脚本TrAELseq_preprocessing.py删除了读取的前TrAELseq_preprocessing.py （UMI），并将序列添加到readID的末尾（用冒号分隔，例如:UMISEQUENCE ）。 质量信息将被丢弃。 readID中的空白用_代替，以在映射后保留UMI序列。
第2步：
移动UMI序列后，脚本会在序列开始时查找最多3 T，然后删除这些序列。 在5'端具有超过3个Ts的序列最多被剪短3个TTT。 此预处理脚本需要Python 3。
该脚本以其当前
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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