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上传时间: 2021-02-18
详细说明:胎盘甲基化的Cis-mQTL映射协议
在此GitHub存储库中,您将找到由巴斯克地区大学(UPV / EHU)的免疫遗传学研究实验室(IRLab)精心设计的协议,该协议可使用命令行程序FastQTL映射胎盘顺式mQTL。 一方面,自述文件中提供了所有使用的命令和脚本,但请注意,您需要自定义其中一些命令,主要是从RStudio而不是从命令行执行的Rscripts。 另外,在管道中,我们将为输出创建新目录,但是您应该始终从它们外部进行工作! 看看的。
另一方面,在Wiki中,您将找到每个步骤的详细说明。 要完成管道,您需要安装: , 和 , 和 。
如果您已经通过密歇根服务器执行了基因型插补,并已通过Alexandra Binder的R包对甲基化组进行了预处理,则可以跳至步骤2.2。
步骤1.基因型数据质量控制
步骤1.1。 基因型数据的质量控制
为bfiles创建一个目录:\
mkd
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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