文件名称:
FindTelomeres：用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGGCCCTAA）的python脚本-源码
开发工具:
文件大小: 34kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：这个脚本做什么？
这是用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGG / CCCTAA）的工具。
该脚本不做什么？
它只会在序列的开头和结尾寻找端粒。 它仅查找TTAGGG / CCCTAA重复序列的变体。
它是如何做到的？
它以FASTA文件作为输入，并逐一遍历其中的序列。 在每个序列的开头和结尾，它都会忽略N（未知碱基）。
对于每个序列，它将查看前（最后）50个核苷酸，并评估端粒重复覆盖了该序列的多少。 这是故意灵活的，以允许测序错误和端粒基序的序列/长度变化。 更具体地说，如果前50个核苷酸中至少有50％被端粒重复序列覆盖，则将其称为端粒。
在大多数情况下，默认设置50％
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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