文件名称:
anole-popgen：为奥本大学脚本课程编写的人口和景观基因组分析脚本-源码
开发工具:
文件大小: 1kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：ole
为奥本大学脚本课程编写的人口和景观基因组分析脚本
我们将编写一条管道，以执行从缩减表示的基因组测序方法获得的种群和景观基因组分析SNP数据。 我们将在ddRADseq数据集上测试管道，该数据集是从代表西班牙裔树皮Anole（ Anolis distichus ）物种复合体的近300个人获得的。 我们编写的脚本将用于估计种群结构，量化景观中的基因流以及测试基因组变异与生态变量之间的关联。
我们的管道中包括的方法包括EEMS（估算的有效迁移面）以分析/可视化空间人口结构，Contruct以推断离散的人口结构，Circuitscape以分析整个景观的连通性以及异常检测（可能使用BAYESCAN）和环境关联分析检查与环境变化相关的基因座（可能在R中使用BAYENV或潜在因子混合模型）。 EEMS用C ++实现，Circuitscape用Julia实现，BAYENV用C编写并在命令行中进
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